Tháng giêng ÂL năm thứ 10 (1653), được điều làm Nội Hàn Lâm Hoằng Văn viện Đại học sĩ. Tháng 5 ÂL, được thục chức Thái bảo kiêm Thái tử thái sư, Nội Hàn Lâm Quốc Sử viện Đại học sĩ, Binh bộ thượng thư kiêm Đô sát viện Hữu phó đô ngự sử, tiến hành kinh lược các tỉnh Hồ Quảng, Quảng Đông, Quảng Tây, Vân Nam, Quý Châu, Tổng đốc quân vụ kiêm quản lý lương hướng, nhằm trấn áp các lực lượng ủng hộ Vĩnh Lịch đế nhà Nam Minh. Triều đình ban sắc cho các phủ trấn liên quan phải chịu sự tiết chế của Thừa Trù; cho phép ông tùy nghi tiến hành việc quân, nhưng phải lập tức tâu lên tình hình điều động binh sĩ người Mãn; chấp thuận sự tiến cử của ông, lấy Đại học sĩ Lý Soái Thái làm Đốc Lưỡng Quảng; mệnh ông kiêm lãnh việc trấn áp khởi nghĩa ở Giang Tây; đúc ấn "Kinh lược đại học sĩ" mà ban cho. Vào lúc lên đường, Thừa Trù và chư tướng được ban nhiều vật dụng dành cho triều phục và quân trang.

Thừa Trù đến quân doanh, lập tức dâng sớ xin tăng thêm quân phòng bị các nơi thuộc Hồ Nam, đồng thời bảo vệ Quế Lâm, triều đình đều đáp ứng. Tháng 6 ÂL năm thứ 12 (1655), tướng Nam Minh là Tôn Khả Vọng xâm phạm Thường Đức, Vũ Xương, Nhạc Châu (nay là Nhạc Dương, Hồ Nam), Thừa Trù điều quân phá được. [3]

Năm thứ 13 (1656), Thừa Trù mãn tang mẹ, được gia Thái phó, vẫn kiêm Thái tử thái sư. Tháng 11 ÂL năm thứ 14 (1657), Tôn Khả Vọng đầu hàng, triều đình trước đó đã cho Thừa Trù về kinh sư dưỡng bệnh, nay giữ lại, mệnh cho ông đốc quân đi lấy Quý Châu, điều thêm quân từ Tứ Xuyên, Quảng Tây giúp đỡ.

Tháng giêng ÂL năm thứ 15 (1658), quân Thanh theo các ngả tiến vào Quý Châu, Thừa Trù dâng sớ trình bày tình hình lương thực của quân đội. Tháng 9 ÂL, được thụ Anh Vũ điện Đại học sĩ. Tháng giêng ÂL năm thứ 16 (1659), quân Thanh chiếm được thành tỉnh Vân Nam, Vĩnh Lịch đế chạy đi Miến Điện, Thừa Trù dâng sớ nói: "Vân Nam xa xôi hiểm trở, xin theo việc cũ đời Nguyên, Minh, lấy vương công coi giữ." Triều đình bèn giao cho Ngô Tam Quế. Tháng 3 ÂL, Thừa Trù dâng sớ thông báo tình hình đói kém ở Vân Nam, triều đình mệnh bộ Hộ phát ra 30 vạn tiền, một nửa dùng để chẩn cấp cho nhân dân, một nửa dùng để phát lương cho binh sĩ. Tháng 8 ÂL, Thừa Trù dâng sớ đề nghị không tiến quân vào Miến Điện, Đa Nhĩ Cổn sau khi bàn bạc với chư vương, đại thần, quyết định đồng ý.

Tháng 10 ÂL, lấy cớ mắt có bệnh xin giải nhiệm, được về kinh chữa trị.

Khang Hi lên ngôi, Thừa Trù xin trí sĩ, được thế chức Tam đẳng A đạt cáp cáp phiên (tương đương Khinh xa đô úy). Tháng 2 ÂL năm thứ 4 (1665), mất, thụy là Văn Tương.